朱元璋是承认元朝是中华民族历史上的一个朝代的。他虽然早期在北伐的时候，对天下发布的《谕中原檄》中，提出了“驱逐胡虏，恢复中华，立纲陈纪，救济斯民”的口号。但是，后来他又多次表示，自己的皇位，是从元朝那里继承过来的。

而朱元璋推翻元的统治只是为了驱除鞑虏，恢复中华，是一种复国行为。所以讲当时他的目的只是把蒙古人赶回了大漠，谋求民族独立。因而没有完全消灭和占领蒙古人的政权和领土。

虽然朱元璋不断越过长城对蒙元进行北伐，设置了大宁卫、开平卫等卫所巩固边疆，但是在大漠深处，明军始终鞭长莫及。从北元到鞑靼再到瓦剌，明朝和蒙古打了200多年，始终没有消灭蒙古势力。

明朝初建，国内百废待兴，军队、民生等需要一段时间的休养生息。而且元朝军队以骑兵为主，退守蒙古有地利优势，如果大明军队一味的去追击很可能会导致国内生产、经济的一系列退化，最后形成了两方势力共存、明争暗斗几百年的历史情况。