肺炎支原体感染的治疗的关键是抗菌素的选择，因为支原体主要存在细胞内，如果经常使用头孢类或者青霉素类抗菌素的话，在细胞内浓度很低，效果就比较差。目前一般使用阿奇霉素，红霉素来治疗，尤其值得推荐的是希舒美(这里是辉瑞制药的阿奇霉素)，这药物提纯比较好，效果也比较显著，很多基层医院，因为没有这种药，导致孩子治疗不彻底，反复发作。如果是肺炎支原体感染引起的咳嗽，比较好的辅助治疗方式是雾化。雾化就是通过特定的机子或者高流量的气流冲击，将药物)分散成微小的雾滴或微粒，使其悬浮于气体中，并进入呼吸道及肺内，达到洁净气道，净化气道，局部治疗(解痉.消炎.祛痰)及全身治疗的目的。因为直接进入呼吸道起作用，使用的药物剂量小，比口服或者注射的效果都要来的好。
 
 
因为肺炎支原体在细胞内生存，所以要完全杀灭，需要的疗程要长，以希舒美治疗为例，一般以希舒美治疗3天，停4天为一个疗程，支原体感染一般要求治疗4-6个疗程，并且要完全没有咳嗽、发烧症状3天以上，太早停药，疗程不足容易反复。
 
 
因为儿童感染肺炎支原体后，支原体抗体滴度可能在体内存在长达3-6个月时间，所以我们诊断肺炎支原体感染理论上应该至少两次抽血，看到滴度持续上升，才能确诊，但是因为抽血的创伤性，一般不需要多次抽血，通过孩子症状可以诊断。而治疗成功与否，仍然是以症状来判断，也就是说，只要症状消失，疗程足够，就可以大胆停药，不需要等抗体滴度完全下降。
 
同样，因为支原体抗体滴度的特性，也有一个误区，导致肺炎支原体感染的过度治疗。因为孩子咳嗽是非常常见的症状，经常有家长或者没有经验的医生，看到孩子咳嗽，以前有肺炎支原体感染，就多次检查支原体抗体滴度，看到滴度高，就按照支原体感染来治疗，实际上是不对的，因为支原体感染一定是排除性诊断，出现特异的干咳、高烧，排除普通细菌、病毒感染，排除过敏引起的咳嗽，才好结合支原体抗体滴度的结果来做治疗，否则，单纯凭滴度结果来进行诊断和治疗常常是无效的，而且浪费药物。经常有看到一些很明显的有痰咳嗽，有过敏病史的孩子出现反复咳嗽，被多次当做支原体感染治疗的情况。
 
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